Poza literami i cyframi standard obejmuje też pełny zestaw znaków interpunkcyjnych — dłuższych niż większość liter, bo używanych rzadziej.
Znaki interpunkcyjne w kodzie Morse'a zbudowane są zwykle z sześciu elementów — więcej niż jakakolwiek litera. To świadomy wybór projektowy: im rzadziej dany znak pojawia się w typowym tekście, tym dłuższy i bardziej złożony może być jego kod, bez wpływu na ogólną szybkość nadawania.
| Znak | Sygnał | Kod |
|---|---|---|
| . | .-.-.- | |
| , | --..-- | |
| ? | ..--.. | |
| ' | .----. | |
| ! | -.-.-- | |
| / | -..-. | |
| ( | -.--. | |
| ) | -.--.- | |
| & | .-... | |
| : | ---... | |
| ; | -.-.-. | |
| = | -...- | |
| + | .-.-. | |
| - | -....- | |
| _ | ..--.- | |
| " | .-..-. | |
| $ | ...-..- | |
| @ | .--.-. |
W praktyce radiotelegraficznej najczęściej wykorzystuje się kropkę, przecinek, znak zapytania oraz ukośnik — ten ostatni pojawia się np. przy przekazywaniu dat czy oznaczeń częstotliwości. Pozostałe znaki, takie jak cudzysłów czy znak dolara, są rzadko spotykane poza komunikacją cywilną i tekstami pisanymi.